Fakultas Pertanian (Faperta) Universitas Cenderawasih (UNCEN) merupakan cikal bakal berdirinya Universitas Negeri Papua. Pada saat itu, Faperta UNCEN memiliki unit Pengabdian kepada Masyarakat (Unit PPM) yang bertugas mengkoordinir pelaksanaan kegiatan PkM yang dilaksanakan oleh dosen dan mahasiswa. Sejalan dengan berdirinya UNIPA maka unit tersebut berubah menjadi Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat, sebagaimana tercantum dalam Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 111/O/2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja (OTK) Universitas Negeri Papua. Disamping itu, UNIPA juga memiliki Lembaga Penelitian. Kemudian kedua lembaga ini digabung menjadi Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat sesuai dengan Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 3 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Papua.